自西元20XX年，人(rén )(🐌)类从(cóng )肯(🌰)亚(🃏)图尔卡纳湖的湖畔(🤢)挖出了一个(🎗)名叫索哈尔(Zohar)的物体(tǐ )之后，便(biàn )开始对它进(jìn )行研(yán )究，后来有人重建出来所谓的“神之(zhī )语言(yán )”，并(🥄)建(jiàn )立电脑程式以启(qǐ )动原始(shǐ )索哈尔(ěr )，进(🙁)行和上位领域的U-DO(上位(wèi )领域当中的(de )(🚣)红色波(🌚)动(dòng )存在)连结的连(lián )结实验，但(dàn )很(㊗)不(🥎)幸地，从上(shàng )位领域(yù )流入下(🤠)位领域的(㊙)能量造成了(le )(⛓)事(🎾)象变移，使地球(游戏(🚻)中(🤲)所谓的“失落耶路撒(sā )冷”)几(🧟)乎完从从宇宙(zhòu )中“消失”，人(rén )类因(🏉)而被迫逃(🛎)亡(💍)，离开地球。
到(dào )了四(sì )千(💅)年(🌼)多后(hòu )，在故事开始前十五的T.C.4753年，米(mǐ )(💏)尔奇亚行星(Miltia)爆发(fā )(🔎)了所谓(🌱)的(de )米尔奇亚冲突事(🚡)件，在此次(cì )事件(jiàn )当(dāng )(🔲)中，米(😳)尔奇亚(yà )(📤)行星的人类疑似遭到(dào )了格(gé )诺西斯(Gnosis)的(🏸)攻击(💁)，并在冲(chōng )(🔮)突(tū )事件(jiàn )后消失，但事件的真相却因为(😲)米尔奇亚(✒)的消失而不为人(🕵)知。在事件后，启动(dòng )原始索哈尔（后(hòu )(⛎)来人类制造出了十(😼)二(èr )(🔮)具(🈺)索哈(hā )尔模拟体(tǐ )，因此原(yuán )(😄)有的索哈(😂)尔(ěr )就(jiù )被称之为原(yuán )始索哈尔(ěr )）所(suǒ )需(xū )的神(shén )之(🦄)语言、原始(🌸)索哈尔的(🧔)研(🌮)究成果(🚹)、米(🔚)尔奇亚的U.M.N.座(🥈)标(biāo )(🦀)等事物(🤙)，都(dōu )被封存在Y资料当中(zhōng )，而Y资料又被封(fēng )存(cún )(🤟)在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意(yì )识内，然而这么做(🏈)却引(yǐn )(👶)起(🍩)了各方势力(💙)对(duì )M.O.M.O.的争(zhēng )夺，因此星团联邦政(zhèng )府(fǔ )(游(yóu )戏(xì )中统治各行星的政(zhèng )府，英文名(míng )Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化(🥏)人(rén )(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的(😜)安(ān )(☕)全。
另一方(fāng )面(📀)，在米(mǐ )尔奇亚冲突事件(⏭)结束(🔤)后(🤨)的十几(💽)年，也就是大(🈶)约(yuē )在游(📂)戏(xì )EPI开始的时候(🖼)，当(🔢)时最大的企业贝克达公司以对抗(🥂)格诺(nuò )西斯侵扰(🏐)的(🐆)名义，进行对格诺西斯用战(🔨)斗兵器KOS-MOS的(de )开发(fā )计划(🗳)，但和当(dāng )时多使(shǐ )用(yòng )合(hé )成人(Relian)与生(shēng )化人(⚾)(Cyborg)的情况所不(bú )同(tóng )的是，KOS-MOS是个纯粹(♊)的机械制(zhì )品。另一方面，在EPI开(🛴)始(shǐ )时(🧔)，参与KOS-MOS开(🔼)发计划的贝克(kè )达公司第一开发(🥪)局(jú )研究(🈶)人员(🚲)卯(⬇)月紫苑，正(zhèng )(🤷)乘着(🐷)当时(🏒)载(🐞)有还没正(zhèng )式启动的KOS-MOS的Woglinde号(📛)太空船(chuán )进行(📈)旅途。但(dàn )没(💝)想到(🖐)其太(🏗)空船却被冲(chōng )著索(suǒ )哈尔而(🥇)来的格诺西斯(🔥)所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动(dòng )，卯(mǎo )(🤯)月紫苑(yuàn )(💳)因(👲)而被卷入一连串和格诺(♊)西(🌓)斯及(jí )索哈(hā )尔(🕕)有关(guān )的阴(yīn )谋，以及会改变(🕊)人类命运的(de )事件(jiàn )当中……